確定申告は勤務医の必須スキルだ——バイト収入から始めて、毎年数十万円戻るようになるまでの話
2026年6月5日
📌 この記事でわかること
- ✅ 勤務医が確定申告を「やらなければいけない」ケースとは
- ✅ 後期研修医1年目で最初につまずいたこと
- ✅ 国税庁の確定申告書等作成コーナーを使った手順の全体像
- ✅ マイナポータル連携で何が自動化されるか
- ✅ 確定申告を毎年のルーティンにするためのコツ
チワゴ
先生って、確定申告は毎年ご自身でやっているんですか？
どくたろう
ずっと自分でやってるよ。後期研修医になってバイトを始めた頃から、毎年欠かさず。
チワゴ
わたしの先輩が、ふるさと納税は5か所以内におさえてワンストップ特例を使ってるって言ってたんですけど、正直、何のことかさっぱりで…。
どくたろう
いい質問だね。そこは後で順番に説明するよ。先に大事なことを言っておくと、バイト収入がある勤務医にとって、確定申告は「やった方がいい」ではなく「やらなければいけない」義務なんだ。
申告漏れには延滞税や無申告加算税といったペナルティがある。税務署の調査後に期限後申告をすると、本来の税額に最大で30%もの無申告加算税が上乗せされることもある。確定申告は、逃げられない手続きだ。
逃げられないなら、早く覚えてしまった方がいい。今回は、後期研修医1年目で初めて確定申告をした経験から、今のマイナポータル連携を使ったやり方まで、一通り整理する。
勤務医が確定申告をしなければいけないケース
まず、勤務医が確定申告を「しなければならない」状況を整理しておく。
確定申告が必要な主なケース
- 複数の病院からバイト・非常勤収入がある（主な勤務先以外で年末調整を受けていない場合）
- 副業収入が年間20万円を超える（執筆料・講演料・コンテンツ販売など）
- ふるさと納税を6か所以上に寄付した（ワンストップ特例は5か所まで）
- 年収が2,000万円を超える
- iDeCoや医療費控除など、年末調整で処理できない控除がある
チワゴ
さっき出てきたワンストップ特例って、結局なんですか？
どくたろう
ふるさと納税の控除を受けるための簡易的な方法だよ。確定申告をしなくていい人が、5か所以内の自治体に寄付した場合に使える。各自治体に申請書を送るだけで住民税から控除される。ただし6か所以上になると使えなくなって、確定申告が必要になる。
チワゴ
あ、だから先輩は5か所におさえてたんですね。
どくたろう
そう。ぼくは今バイトなしの勤務医だけど、ふるさと納税を6か所以上にしているから確定申告が必要になっている。バイトが複数ある時期は、なおさら避けられない。
最初の確定申告でつまずいたこと
ぼくが初めて確定申告をしたのは、後期研修医1年目のときだった。
チワゴ
最初はやっぱり大変でしたか？
どくたろう
大変だった。当時はバイト先が複数あって、一番困ったのが源泉徴収票を全部集めることだった。
チワゴ
複数のバイト先から、それぞれ送ってもらうんですか？
どくたろう
そう。すべての勤務先から源泉徴収票を揃えて、合算して申告する。1か所でも抜けると申告漏れになる。ぼくはバイト代が銀行口座に振り込まれるのを必ず確認していたから、どこで働いたかは把握できていた。ただ、証明書が届くタイミングは病院ごとにバラバラで、全部揃うまでに時間がかかった。
このとき学んだのは、証明書が届いたらその日にまとめておく、という習慣の大切さだ。バイト先ごとにフォルダを作っておくだけで、年末の書類集めがぐっとラクになる。
①バイト先をすべてリストアップしておく
②1月〜2月に各バイト先から届く源泉徴収票を全部保管する
③主な勤務先の源泉徴収票と合わせて確定申告に使う
確定申告書等作成コーナーの使い方
ぼくが使っているのは、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」だ。ブラウザ上で申告書を作り、そのままe-Taxで送信できる。専用ソフトのインストールは不要で、マイナンバーカードとICカードリーダー（またはマイナポータルアプリ）があれば手続きが完結する。
チワゴ
freeeとかマネーフォワードは使わないんですか？
どくたろう
個人事業主や開業医ならそちらが便利だけど、給与所得がメインの勤務医なら国税庁のサイトで十分だよ。シンプルで無料。事業や開業医でないなら、確定申告のためだけに税理士に頼むのは、手間もお金もかかりすぎると思っている。
作成コーナーでの申告は、画面の案内に沿って進むだけで完成する。大まかな流れはこうだ。
確定申告書等作成コーナーの手順（給与所得者の場合）
- マイナンバーカードでログイン
- マイナポータル連携を実行（事前に設定が必要）
- 源泉徴収票・控除証明書のデータを自動取得
- 自動取得できない項目を手入力
- 控除の確認・申告書の内容確認
- e-Taxで送信・完了
手入力が必要な箇所は、それほど多くない。事前にマイナポータル連携を設定しておけば、証明書の大部分は自動で入力されるからだ。
マイナポータル連携で何が変わったか
マイナポータル連携とは、マイナンバーカードを通じて各機関が持つ証明書データを一括取得し、確定申告書に自動入力してくれる仕組みだ。
チワゴ
何が自動で入るんですか？
どくたろう
ぼくが連携しているのは、ふるさと納税の寄附金控除証明書、iDeCoの掛金証明書、株式の外国税額控除に関するデータ。以前は生命保険料控除証明書も連携していたけど、保険を解約したので今は不要になった。これらが申告書に自動で入力される。
チワゴ
ふるさと納税が自動になると、そんなに違うんですか？
どくたろう
全然違う。以前は、各自治体から届く寄附金受領証明書を1枚ずつ保管して、自治体名と金額を手で入力していた。6か所以上になると、これがけっこうな手間だ。今は連携しておけば全部自動で取り込まれる。一番ラクになった部分だね。
連携には事前準備が必要だ。国税庁の確定申告特集ページか、マイナポータルの「確定申告の事前準備」ページから設定できる。1月以降に証明書が届き始めるので、年末のうちに設定しておくと慌てずに済む。
連携できるのは、マイナポータル連携に対応している発行主体（自治体・保険会社・金融機関など）のデータだけ。すべての証明書が自動取得できるわけではないので、対応状況は国税庁のサイトで確認しておくこと。
確定申告をすると、毎年数十万円が戻ってくる
チワゴ
先生は、確定申告で実際どれくらい戻ってきているんですか？
どくたろう
毎年数十万円の還付がある。ふるさと納税・iDeCo・医療費控除・外国税額控除を積み上げると、申告しないと取りこぼす金額はかなりの規模になる。
確定申告は義務だが、やることで戻ってくるお金も大きい。ふるさと納税で数万円から数十万円、そこにiDeCoの所得控除が加わると、還付額はさらに増える。「やらなければいけない手続き」が、同時に「やると得をする手続き」でもある。
チワゴ
「怖いもの」じゃなくて、「お金を取り戻す手続き」なんですね。
どくたろう
まさにそう。やらないと義務を果たさないことになるし、やらないと損もする。どちらから見ても、やるしかない。
確定申告を毎年のルーティンにするコツ
確定申告を「大変な作業」にしないコツは、日頃の準備にある。実際にやっていることをまとめる。
年間を通じて準備しておくこと
- バイト先・収入はその都度メモしておく（年末に慌てない）
- マイナポータル連携を年末前に設定する（1月以降に証明書が届き始める）
- 源泉徴収票・各種証明書は、届いたその日にフォルダにまとめる
- 申告期間（2月16日〜3月15日）は早めに着手する（混雑を避ける）
チワゴ
確定申告って、マネーリテラシーにもつながりますか？
どくたろう
強くつながると思う。自分で申告すると、収入・控除・税額の全体像が見えてくる。iDeCoがどう効いているか、ふるさと納税でいくら節税できたか——数字として実感できる。この感覚が積み重なると、お金の決断が変わってくるんだ。
収入がシンプルなうちに慣れておくのがいい。控除が少ない時期に一度経験しておけば、後でバイトが増えても慌てない。いきなり複雑な状況で挑むより、ずっと楽だ。
確定申告は勤務医の必須スキルだ
最後に、一番伝えたいことをまとめる。
確定申告は「やった方がいい」ではなく、バイト収入があれば「やらなければいけない」手続きだ。やらなければペナルティがあり、正しくやれば毎年数十万円が戻ってくる可能性がある。
税理士に頼む必要もない。開業医や個人事業主でなければ、国税庁の確定申告書等作成コーナーとマイナポータル連携で十分対応できる。難しく考えず、まず1回やってみることが大事だ。
どくたろう
確定申告から逃げることはできない。それなら、さっさと覚えてしまった方が早い。毎年のルーティンになれば、怖くも面倒でもなくなる。それが、勤務医のマネーリテラシーの土台になるよ。
📋 この記事のまとめ
- ✅ バイト収入がある勤務医は確定申告が義務。後回しにするとペナルティがある
- ✅ 最初のハードルは源泉徴収票を全バイト先から集めること。届いたその日に保管する習慣を
- ✅ 国税庁の確定申告書等作成コーナー＋マイナポータル連携で、勤務医の申告は十分対応できる
- ✅ マイナポータル連携でふるさと納税・iDeCoなどが自動入力に
- ✅ 正しく申告すれば毎年数十万円の還付も。義務を果たしながら、得もできる